Oi @Wesley Kovalski
Existem vários módulos pagos que fazem isso, o mais barato que encontrei é esse: https://www.magebees.com/import-export-category-extension-magento.html
Mas existe uma opção gratuita, que é usando o importar e exportar dos produtos, a medida que você importa os produtos as categorias são criadas de acordo com o que definiu na planilha de importação. Logo você pode exportar as produtos, que vem com as informações de categoria, e importar essa mesma planilha de produtos em outra loja. Após isso basta apagar os produtos e pronto, você exportou e importou as categorias